Om de samenwerking tussen de verschillende organisaties te organiseren hebben de milieuhandhavende organisaties in 1999 en 2000 tien regionale bestuursovereenkomsten afgesloten. Hierin zijn afspraken gemaakt over de wijze waarop organisaties met elkaar omgaan. In de afgelopen jaren is op het gebied van milieuhandhaving echter veel veranderd. Zo zijn er steeds grotere samenwerkingsverbanden ontstaan en is de kwaliteit van de handhaving sterk verbeterd dankzij de professionalisering van de milieuhandhaving.

Vanwege deze ontwikkelingen hebben de partners in Noord-Holland in 2005 besloten om de tien regionale bestuursovereenkomsten te herzien en te vervangen met één provinciebrede overeenkomst. Deze is per 1 juli 2005 in werking. Een aantal reguliere taken op het gebied van milieuhandhaving komen voort uit afspraken die vastgelegd zijn in de deze bestuursovereenkomst (BOK).

Zo is in de BOK opgenomen dat de provincie Noord-Holland elk jaar zowel een management- als een bestuursconferentie organiseert, elke twee jaar een samenwerkingsprogramma schrijft en zorg draagt voor het opstellen van een gezamenlijke omgevingsanalyse. Ook stellen GS één maal per jaar aan de hand van de voortgangsrapportages een jaarverslag op.